تأسست الإكليريكية منذ القرن الأول الميلادى على يد مرقس رسول السيد المسيح إلى ارض مصر وكان مكانها عندما أسست فى مدينة ألأسكندرية حوالى سنة 62 م وظلت نشطة طيلة العصور المسيحة المختلفة , ثم اغلقت لأسباب عديدة وكانت تسمى فى العصور المسيحية بأسم مدرسة الإسكندرية .
ثم اعيد تأسيسها لتأخذ على عاتقها جزء من النهضة الحديثة التى تمر بها الكنيسة القبطية اليوم , أما البابا الذى اعاد هو البابا كيرلس الخامس سنة 1893 م .
فى مساء 29/ 11/ 1993 م فى عهد قداسة البابا شنودة الثالث أحتفلت الكنيسة القبطية فى الكاتدرائية الكبرى بدير الأنبا رويس بالعيد المئوى لإعادة تأسيس الكلية الإكليريكية .
وجاء المتخرجين من الكلية الإكليريكية من كل صوب من انحاء مدن مصر وقراها الذين وصل عددهم 2500 كاهنا وحضر 50 من ألاباء المطارنة والأساقفة وحضر ممثلون عن الإكليريكية ببلاد المهجر .
وحضر أيضاً رئيس وأعضاء رابطة الكليات والمعاهد الدينية بالشرق الأوسط وممثلوا المعاهد الدينية بمصر كاثوليكية وبرونستانية , وحضر أيضاً أساتذة الدراسات القبطية وآلاف من افراد الشعب القبطى .
وقام قداسة البابا شنودة بتوزيع شهادات التقدير على كل من خدموا الإكليريكية من أيام المتنيح حبيب جرجس حتى الآن .
وألقى قداسة البابا شنودة الثالث كلمة عن تاريخ الإكليريكية وتطورها وألقى آخرون كلمات اخرى .
وفى صباح الثلاثاء 30/ 11/ 1993 م صلى قداسة البابا القداس الإلهى فى الكاتدرائية الكبرى وشارك البابا 17 من المطارنة والأساقفة وعدد كبير من ألاباء الكهنة والشمامسة وشارك فى الحتفال والصلاة خورس الكلية الإكليريكية .
واقيم بهذه المناسبة معرض للكتب الدينية والتى أصدرها أساتذة الكلية الإكليريكية وخريجوها من ايام الإرشيدياكون حبيب جرجس .
فروع الكلية الإكليريكية
وأمتد نشاط الكلية الإكليريكية فى عهد قداسة البابا شنودة الثالث بحيث أنه اصبحت لها فروع فى كل من : فى داخل مصر .. الإسكندرية , طنطا , شبين الكوم , المنيا , البلينا , الدير المحرق .
فى خارج مصر .. سيدنى بأستراليا , جيرسى سيتى , لوس أنجيلوس بأمريكا .
عدد خريجى الكلية الإكليريكية :
إزداد عدد الخريجين فى عهد قداسة البابا شنودة الثالث فنجد أنه تضاعف واصبح اليوم اربعة اضعاف منذ بداية القرن العشرين .
منذ عام 1900 م - إلى 1960 كان عدد المتخرجين من الكلية الإكليريكية 500 خريجاً .
فى عهد قداسة البابا شنودة الثالث وصل عدد الخريجين إلى ما يزيد عن 2500 خريج وخريجه .
معاهد اخرى :
أسس قداسة البابا معهد الكتاب المقدس الذى يقدم للكنيسة خريجين دارسين ومتخصصين فى دراسات الكتاب المقدس بعهديه .
أسس البابا معهد الرعاية والتربية وهو متخصص فى تنمية روح الرعاية فى ألاباء الكهنة والخدام .
أسس البابا مكتبة شاملة للكلية الإكليريكية ومكتبة أخرى للمعاهد المتخصصة تم إفتتاحهما فى أغسطس 1979م
معهد ديدموس (معهد متخصص لتخريج العرفاء والمرتلين )
معهد الأفارقة .
معهد المجلس العلى للإكليريكية والمعاهد الدينية .
أوفد البابا شنودة الثالث الكثيرين منهم للحصول على درجاتهم العلمية مثل الماجيستير أو الدكتوراة إلى الخارج للدراسة والتحصيل